Epidemiología molecular e historias evolutivas de los coronavirus humanos OC43 y HKU1 entre pacientes con infecciones del tracto respiratorio superior en Kuala Lumpur, Malasia

Resumen A pesar de la circulación mundial de los coronavirus humanos OC43 (HCoV-OC43) y HKU1 (HCoV-HKU1), se carece de datos sobre su epidemiología molecular y dinámica evolutiva en la región tropical del sudeste asiático. Métodos El estudio tuvo como objetivo investigar la diversidad genética, la distribución temporal, la historia de la población y los síntomas clínicos de las infecciones por betacoronavirus en Kuala Lumpur, Malasia, entre 2012 y 2013. Un total de 2.060 adultos que presentaban síntomas respiratorios agudos fueron examinados para detectar la presencia de betacoronavirus mediante PCR multiplex. Se secuenciaron los genes de la glicoproteína de la espiga, la nucleocápside y el gen 1a para la reconstrucción filogenética y la inferencia coalescente bayesiana. Resultados Un total de 48/2060 (2,4%) especímenes resultaron positivos para el HCoV-OC43 (1,3%) y el HCoV-HKU1 (1,1%). Tanto el HCoV-OC43 como el HCoV-HKU1 circularon conjuntamente durante todo el año, y las tasas de detección más bajas se registraron en el periodo de octubre a enero. El análisis filogenético del gen spike mostró que la mayoría de los aislados de HCoV-OC43 se agrupaban en dos genotipos no definidos previamente, asignados provisionalmente como nuevo linaje 1 y nuevo linaje 2. Se observaron signos de recombinación natural en estos linajes potencialmente nuevos. El mapeo de localización mostró que el nuevo linaje 1 circula actualmente en Malasia, Tailandia, Japón y China, mientras que el nuevo linaje 2 se encuentra en Malasia y China. La datación molecular mostró el origen del HCoV-OC43 hacia finales de la década de 1950, antes de divergir en los genotipos A (década de 1960), B (década de 1990) y otros genotipos (década de 2000). El análisis filogenético reveló que el 27,3% de las cepas de HCoV-HKU1 pertenecen al genotipo A, mientras que el 72,7% pertenece al genotipo B. La raíz del árbol de HCoV-HKU1 fue similar a la de HCoV-OC43, con el tMRCA de los genotipos A y B estimado alrededor de los años 90 y 2000, respectivamente. No se observó una correlación entre el HCoV-OC43 y el HCoV-HKU1 con la gravedad de los síntomas respiratorios. Conclusiones El presente estudio informó de la complejidad molecular y la dinámica evolutiva de los betacoronavirus humanos entre adultos con síntomas respiratorios agudos en un país tropical. Se identificaron dos nuevos linajes genéticos de HCoV-OC43, lo que justifica una mayor investigación sobre sus características genotípicas y fenotípicas.

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