Confronto tra MetaMap e cTAKES per l’estrazione di entità nelle note cliniche

Reátegui, Ruth et Ratté, Sylvie. 2018. ” Confronto tra MetaMap e cTAKES per l’estrazione di entità nelle note cliniche “. BMC Medical Informatics and Decision Making, vol. 18, nº supp. 3.
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Ratte S 2018 17422.pdf – Versione pubblicata
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URL ufficiale: http://dx.doi.org/10.1186/s12911-018-0654-2

Abstract

Sfondo Le note cliniche come i riassunti delle dimissioni hanno un formato semi-strutturato o non strutturato. Questi documenti contengono informazioni su malattie, trattamenti, farmaci, ecc. Estrarre informazioni significative da essi diventa una sfida a causa del loro formato narrativo. In questo contesto, abbiamo voluto confrontare la capacità di estrazione automatica di entità mediche utilizzando due strumenti: MetaMap e cTAKES. Metodi Abbiamo lavorato con i dati di i2b2 (Informatics for Integrating Biology to the Bedside) Obesity Challenge. Sono stati costruiti due esperimenti. Nel primo, è stato estratto solo un concetto UMLS relativo alle malattie annotate. Nel secondo, alcuni concetti UMLS sono stati aggregati. Risultati I risultati sono stati valutati con entità mediche annotate manualmente. Con il processo di aggregazione il risultato mostra un miglioramento migliore. MetaMap ha avuto una media di 0,88 in richiamo, 0,89 in precisione, e 0,88 in F-score. Con cTAKES, la media di richiamo, precisione e F-score erano rispettivamente 0,91, 0,89 e 0,89. Conclusioni L’aggregazione di concetti (con tipi semantici simili e diversi) ha dimostrato di essere una buona strategia per migliorare l’estrazione di entità mediche, e l’aggregazione automatica potrebbe essere considerata nei lavori futuri.

Ratté, Sylvie

Tipo di articolo: Articolo peer reviewed pubblicato in una rivista
Informazioni aggiuntive: Thématique : Articoli selezionati dalla 7a Conferenza di Bioinformatica Traslazionale (TBC 2017): informatica medica e processo decisionale ; Identifiant de l’article: 74
Professor:

Professor
Affiliazione: Génie logiciel et des technologies de l’information
Data di deposito: 16 Oct 2018 19:41
Ultima modifica: 12 Jul 2019 20:03
URI: https://espace2.etsmtl.ca/id/eprint/17422

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