Coppie di DNA (adenina-timina, guanina-citosina)[chiuso]

In Principles of Nucleic Acid Structure , W. Saenger sostiene che le basi con legame idrogeno contengono almeno due legami idrogeno (formando un motivo “ciclico”). Spesso c’è una possibile forma tautomerica che crea anche due legami idrogeno, con due legami covalenti che diventano legami idrogeno, due legami idrogeno che diventano legami covalenti, e doppi legami che si spostano in modo che ogni atomo abbia sempre un ottetto. Nel primo esempio di OP (coppia A: T), per esempio, il chetone si trasformerebbe in un enolo e la protonazione dei gruppi amminico e imino cambierebbe.

Saenger continua dicendo che sono possibili 28 coppie.

Molti di questi sono osservati (quelli marcati sono così comuni che gli sono stati dati dei nomi), nelle strutture del DNA, dell’RNA e nelle strutture di cristallo dei dinucleotidi.

Mi chiedevo perché l’adenina si accoppia alla timina e la citosina alla guanina.

Si accoppiano perché creano forti legami idrogeno con una geometria di coppia di basi che permette l’impilamento delle basi ed è compatibile con l’accoppiamento delle basi di altri nucleotidi in un filo di DNA. Come la discussione sopra mostra, molte altre coppie di basi sono teoricamente possibili, e alcune di esse sono effettivamente osservate in natura.

La timina ha l’acidità più bassa e l’adenina quella più alta. Quindi ha senso che il legame intermolecolare sia forte.

Non sono sicuro della premessa, e la conclusione non è corretta, perché si formano anche altre coppie di basi. Finché un gruppo ha il corretto stato di protonazione, il pKa non determina direttamente la forza del legame a idrogeno.

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